Dự án sẽ xây dựng mới hai hạng mục là nhà Tăng và am hóa vàng với hình thức kiến trúc truyền thống, phù hợp với cảnh quan chung. Với chủ trương tu bổ, tôn tạo đồng bộ; quận Ba Đình sẽ tu bổ lại Liên hoa đài và hồ Linh Chiểu; tòa Tam Bảo, nhà Tổ, nhà Mẫu, Tam quan với hình thức kiến trúc như nguyên trạng; hạ giải, làm mới hệ thống móng, tường bao, thay thế các cấu kiện gỗ đã mục hỏng, lợp lại ngói mũi hài, hoàn chỉnh nội thất trong chùa. Đồng thời, tu bổ lan can quanh khu tháp mộ, xây mới hệ thống tường bao bảo vệ di tích, thay gạch lát sân…
Riêng Tam Bảo và nhà Mẫu, nhà Tổ sẽ hạ giải toàn bộ, loại bỏ phần cơi nới, dựng nhà bao che phục vụ tu bổ. Liên hoa đài cũng hạ giải mái ngói và hoành rui, thay thế những cấu kiện gỗ bị hư hỏng bằng gỗ lim, tận dụng tối đa ngói cũ, nếu thiếu thì thay thế bằng ngói phục chế nguyên mẫu.
Chủ tịch UBND quận Ba Đình cũng cho biết: Quá trình tu bổ, tôn tạo di tích chùa Một Cột – Diên Hựu sẽ tuân thủ nghiêm các quy định trong quản lý đầu tư xây dựng di tích lịch sử, coi trọng kỹ thuật, mỹ thuật, chất lượng công trình. Trong tổ chức thực hiện dự án phải đảm bảo vệ sinh môi trường, an ninh trật tự. Quận cũng chỉ đạo phường Đội Cấn tuyên truyền cho nhân dân biết được mục đích tu bổ, tôn tạo dự án, thường xuyên đảm bảo an ninh trật tự ở khu vực./.