Văn bản nêu trên cũng nhấn mạnh, với vai trò là thành viên của Ủy ban bảo vệ môi trường lưu vực sông Đồng Nai, UBND thành phố Hồ Chí Minh nhận thấy việc chuyển đổi, di dời khu công nghiệp Biên Hòa 1 mang lại nhiều lợi ích trong việc bảo vệ nguồn nước sông Đồng Nai và ủng hộ việc triển khai dự án này của tỉnh Đồng Nai.
Theo kết quả quan trắc vào tháng 3/2013 của Trung tâm Quan trắc kỹ thuật môi trường Đồng Nai cho thấy, nguồn nước sông Đồng Nai, đặc biệt là đoạn qua khu vực tiếp nhận nguồn nước thải từ khu công nghiệp Biên Hoà 1 có nhiều hàm lượng vượt tiêu chuẩn và có thể gây hại cho sức khoẻ người sử dụng nước.
Qua phân tích, có hàng loạt các thông số đều vượt quy chuẩn, trong đó nặng nhất là hàm lượng sắt, chất hữu cơ và vi khuẩn gây bệnh. Cụ thể các chất Fe, DO (lượng ôxy hòa tan), COD (lượng ôxy cần thiết cho quá trình ôxy hoá chất hữu cơ), N-NH4 (lượng ni tơ – amôni), P-PO4 (hàm lượng photpho) và các loại vi khuẩn gây bệnh như E.Coli, Coliform đều vượt chuẩn quy định.
Sông Đồng Nai hiện là nguồn cung cấp nước quan trọng cho sinh hoạt, sản xuất, góp phần phục vụ phát triển kinh tế - xã hội của thành phố Hồ Chí Minh cũng như các tỉnh lân cận. Đến năm 2025, tổng nhu cầu nước sạch của thành phố Hồ Chí Minh là 3,7 triệu m3/ngày đêm, trong đó nguồn nước từ sông Đồng Nai cung cấp là 2,5 triệu m3/ngày đêm.
Hiện đoạn sông qua đô thị Biên Hòa là nơi cung cấp nguồn nước sinh hoạt của Nhà máy nước Thủ Đức, Nhà máy nước Tân Hiệp và Nhà máy nước Bình An cung cấp nước cho 10 triệu người dân thành phố Hồ Chí Minh.
Ngoài ngoài việc tiếp nhận nguồn nước thải sinh hoạt của trên 800.000 dân của thành phố Biên Hoà, đoạn sông qua khu vực đô thị Biên Hòa còn là nơi chứa nguồn thải lớn từ khu công nghiệp Biên Hoà 1.
Hiện nay, Chính phủ cũng đã chấp thuận đề nghị của tỉnh Đồng Nai, cho phép di dời khu công nghiệp Biên Hoà 1 đến khu vực mới để giảm thiểu nguồn thải gây ô nhiễm cho sông Đồng Nai.
Khu công nghiệp này hiện có khoảng 100 doanh nghiệp trong và ngoài nước sản xuất kinh doanh. Đây là khu công nghiệp được thành lập sớm nhất cả nước (vào năm 1964), nhiều xí nghiệp, nhà máy sử dụng công nghệ lạc hậu và cũ kỹ, trong khi hệ thống xử lý nước thải của khu công nghiệp không đáp ứng yêu cầu về công suất cũng như công nghệ xử lý, là nguyên nhân phát sinh nước thải không đạt tiêu chuẩn xả thải ra sông Đồng Nai.